江戶時代，甲州街道的起點是從日本橋為起點，到現在的杉並區的高井戶驛站（日文：宿站）為止。

新宿這個地名起源於1698年，在甲州街道上現今的新宿地方成立了新的驛站（宿站），而當時信州高遠藩主內藤氏的寓所正在此地，故此地得名為「內藤新宿」。這便是新宿這個名稱最早出現的開始。

在新宿歷史博物館的常設展出區裡，分成1.大地刻畫的歷史：新宿的遺跡 2.中世紀的新宿 3.江戶時代的新宿 4.近代文學裡的新宿 5.昭和初期的新宿，等五大區。

在「江戶時代的新宿」展區裡，設置了一大片可愛的模型，大家可以比照以前的新宿樣貌，找一找現在你所知道的百貨大樓或餐廳，在這個模型上，出現在什麼位置。

此外還有江戶時代的傳統民家，曾流行這種以石塊和厚重的塗漆為建材，聲稱得以「防火」的「藏造」建築。後來在1923年關東大震災裡，發現這種建築不堪一擊，故而消失在東京的市區裡。

「近代文學裡的新宿」展區中，把從明治時代、大正時代到昭和年間，曾經在新宿活動的作家，或描寫過新宿的文學作品都蒐集起來，拼貼出一塊刻畫人性愛恨情仇的新宿圖騰。

至於「昭和初期的新宿」則可以看見從前曾經跑在街頭的路面電車，以及穿越時光隧道，重返當時民家現場，感受當年的生活，看看那時候的上班族與學生，生活的花費與娛樂。

新宿保留下來了一些老店，但也同時一直在變。比如曾經象徵新宿東口地標的SAKURAYA櫻花屋電器行，如今就消失了。伊勢丹百貨仍屹立不搖，但曾經在昭和初期引領風潮的新宿三越百貨，終於也因為不敵時代洪流，將於2012年吹熄燈號了。

只要你曾經來過新宿，終於也將成為新宿歷史的一部份。這個號稱世界上最大繁華區之一的地方，到底怎麼創造它輝煌的歷史，而明天又會走向何方呢？新宿歷史博物館其實點擊的不是過去，而是聯結出人類資本文明的下一個頁面。